Der Hauptweg beginnt in Warios Schloss. Wecke Wario auf, schließe Wasserhahn und Abfluss und erreiche den Schlangenboss. Zwei Missionen öffnen später eigene Alternativkapitel.
Mission 1: Turn off the alarm clock! – Den Wecker ausschalten
Drücke eine Taste, um Wario aufzuwecken. Ramm die rechte Schlafzimmerwand und stampfe links durch die Töpfe für die frühen Münzverstecke. Im folgenden Topfgang findest Du weitere Hohlräume an beiden Enden. Blöcke mit einem Gegnersymbol lassen sich nur durch einen geworfenen Gegner zerstören. Betäube einen Speerpiraten von oben, hebe ihn auf und halte B für einen kräftigeren Wurf.
Im Raum mit dem Ofen schiebst Du diesen als Tritt zur hohen Plattform. Zerstöre den Schrank in der Mitte und betrete die Schatzkammer dahinter. Nach dem Bilder-Minispiel gehst Du rechts weiter. Im folgenden Raum führt von den beiden benachbarten Türen die rechte unter Warios Gesicht zum Endbereich. Krieche durch den niedrigen Gang und zerstöre den Wecker. Der normale Weg führt zu 1-2. Für den Alternativweg Invade Wario Castle wiederholst Du später dieses Level und drückst am Anfang überhaupt keine Taste: Lass Wario weiterschlafen, bis die Handlung selbst weitergeht.
Mission 2: Turn off the giant faucet! – Den Wasserhahn schließen
Springe über die Wasserlücken und benutze die im Strom treibenden Möbel als Plattformen. Ein Sturz ins Wasser wirft Dich durch die Strömung zurück. Im niedrigen Gang kann Dich der Fackelgegner in Brand setzen. Warte die volle Feuerballform ab, wenn Du die Feuerblöcke darunter für Münzen öffnen möchtest. Wasser beendet die Verwandlung.
Im zweiten langen Wasserbereich liegt die Schatzkammertür frei über dem Wasser. Stelle Dich auf ein vorbeischwimmendes Möbelstück und drücke im Vorbeifahren nach oben. Spare vorher genug Münzen für das Minispiel. Nach dem Schatz führt der normale Weg weiter nach rechts. Den weißen aufblasbaren Gegner vor dem letzten Raum beseitigst Du mit einem geworfenen Speerpiraten. Am Wasserhahn springst Du auf die feste Plattform und rammst den Griff dreimal. Dadurch endet das Level. Ein erneuter Sturz in die Strömung vor dem Schalter bedeutet einen Rückweg, keinen verlorenen Lebensversuch.
Mission 3: Let the water out! – Das Schloss entwässern
Öffne zunächst die linke Wand für Münzen und gehe dann durch den Wasserweg. Unter Wasser beschleunigst Du mit B in die gewählte Richtung; A hilft beim Aufsteigen. Die Blasen machen Dich zu Blasen-Wario. In dieser Form steigst Du auch gegen abwärts drückende Strömungen nach oben. Räume störende Töpfe vorher aus dem Weg und steuere zwischen den festen Plattformen hindurch. An der Decke oder Wasseroberfläche platzt die Blase.
Bei den Bumerang-Enten wartest Du ihren Wurf ab und greifst von der freien Seite an. Erkunde die Schalter und kehre zu den dadurch veränderten Wegen zurück. Im dritten Raum mit Blasen liegt die Schatzkammertür zwischen zwei Reihen grüner Töpfe direkt auf Deinem Weg. Hole den Schatz, bevor Du den letzten Abflussraum beendest. Dort rammst Du den großen Block mit dem Totenkopfgesicht, der das Wasser zurückhält. Nach seiner Zerstörung läuft das Schloss leer und der Kellerweg wird zugänglich.
Mission 4: Go down to the cellar – In den Keller hinab
Die Fledermäuse mit Gewichten verwandeln Wario in Platt-Wario. So gleitest Du durch enge Spalten, kannst aber nicht wie gewohnt springen oder rammen. Eine Fledermaus ohne Gewicht zieht Dich wieder lang; auch ein passender Wassertropfen stellt Deine normale Form her. Nutze die festen Plattformen links für den hohen Aufstieg und prüfe die Seitengänge auf Münzen, bevor Du zur nächsten Tür gehst.
Im letzten großen Raum steigst Du von der Zieltür aus über die linken Plattformen wieder hoch. Lass Dich platt drücken und gleite von einem geeigneten oberen Absatz durch den schmalen Spalt nach links. Ein bloßer Sprung aus dem Stand reicht häufig nicht; gehe von der Kante und halte beim Gleiten die gewünschte Richtung. Die greifende Fledermaus auf der anderen Seite macht Dich wieder normal, sodass Du die Schatzkammertür betreten kannst. Danach kehrst Du durch den niedrigen Gang zur normalen Zieltür zurück und erreichst den Schlangenabschnitt.
Mission 5: Defeat the giant snake – Die Riesenschlange
Gleich im Anfangsraum deutet eine Münzspur auf den zerstampfbaren Boden. Stampfe hinunter, gehe links weiter und klettere die Plattformen nach oben. Beim Zombie lässt Du Dich in die Lücke links neben ihm fallen, um die Schatzkammertür zu erreichen. Lass Dich nicht unnötig zum Zombie verwandeln: In dieser Form kannst Du nicht springen, nur laufen und durch dünne Böden fallen. Licht stellt Dich wieder her.
Hinter der Totenkopftür wartet die Riesenschlange. Weiche ihrem geöffneten Maul aus und treffe den Kopf von oben. Drei Stampfattacken reichen; einfache Kopfsprünge brauchen mehr Treffer. Verschluckt sie Dich, wirft sie Dich als Ei aus der Arena und der Kampf beginnt beim nächsten Eintritt neu. Der normale Sieg führt zur SS Tea Cup. Für Go to the cellar!! benutzt Du stattdessen den oberen Rückkehrraum nach einem verlorenen Kampf: Ramm die rechte Wand mit einem Sprung auf, gehe durch die versteckte Tür und rolle den folgenden Hang zur geheimen Zieltür hinunter.