Auf Chocolate Island sind zwei Geheimwege besonders wichtig: In Level 2 entscheidet die verbleibende Zeit über den Zugang zum Schlüssel. In Level 3 musst Du hinter das erste Ziel gelangen. Chocolate Secret führt direkt zu Wendy; für sämtliche Ausgänge brauchst Du trotzdem die übrigen Level.
Die Routen beziehen sich auf die SNES-Fassung von Super Mario World. Rote Levelpunkte kennzeichnen in der Regel zwei Ausgänge. Die Zahl 96 im Spielstand zählt gefundene Ausgänge; Yoshi-Münzen sind ein zusätzliches Sammelziel. Die GBA-Fassung ergänzt unter anderem Münzen in weiteren Leveln und verändert Luigis Eigenschaften.
Chocolate Island 1

Ein Sprung verwandelt einen großen Dino-Rhino zunächst in den kleineren, feuerspeienden Dino-Torch. Räume ihn aus dem Weg, bevor Du an einer Abgrundkante landest. Die erste gelbe Abschussröhre führt zum Abschnitt mit Checkpoint und Sammelroute. Über der ersten Senke danach liegt hoch auf einer Wolke ein 3-Up-Mond. Überbrücke die Muncher-Mulde mit dem P-Schalter und laufe weiter zum Geisterhaus.
Choco-Ghost House

Beobachte die wandernden Bodenlücken und bleibe von der blauen Flamme des angelnden Geists entfernt. Im zweiten Raum lockst Du die Geisterblöcke durch Wegschauen zur erhöhten mittleren Ausgangsebene. Sie werden fest, sobald Du sie ansiehst; dann kannst Du auf ihnen zur Tür steigen. Mit Cape erreichst Du die Tür ebenfalls. Ganz rechts liegt nur eine Sackgasse. Das Haus besitzt einen Ausgang zu Chocolate Island 2.
Chocolate Island 2

Die Röhren führen je nach bisherigem Lauf in unterschiedliche Räume. Deine Münzzahl im ersten Abschnitt bestimmt den zweiten: bis acht Münzen führen zur Schrägplattform-Route, neun bis zwanzig zu Rexen und mindestens 21 zur Cape-Flugroute.
Chocolate Secret: Beim Übergang vom zweiten in den dritten Abschnitt müssen noch mindestens 250 Sekunden auf der Uhr stehen. Dann kommst Du in den Raum mit Footballspielern, Schlüssel und Schlüsselloch. Entscheidend ist die Zeit an diesem Übergang, nicht ein späteres Zielband. Ein langsamerer Lauf führt zum normalen Ausgang nach Chocolate Island 3. Die Yoshi-Münzen beeinflussen auf dieser normalen Route den letzten Raum, nicht den Zugang zum Schlüssel.
Chocolate Secret

Die Abkürzung führt direkt zu Wendys Schloss. Springe von der ersten Kante nicht in die Lava, sondern nutze das Sprungbrett und passiere die Footballwerfer. Die optionale grüne Röhre führt vorübergehend nach draußen. Nach dem Checkpoint rutschst Du den schrägen Tunnel hinab und betrittst die untere Röhre. Überquere den sinkenden Sand über der Lava und verlasse jede Schräge rechtzeitig. Auf dem SNES gibt es hier nur eine Yoshi-Münze auf der späteren abschüssigen Strecke.
Chocolate Island 3

Wechsle zwischen den rotierenden Plattformen und achte auf Fuzzys in ihren Mittelpunkten. Eine Ranke führt zum ersten Ziel. Schließe es für die Ausgangszählung einmal ab; der neue Kartenweg bildet jedoch nur eine Schleife.
Chocolate Fortress: Kehre mit Cape oder fliegendem Yoshi zurück und überquere vom ersten Zielbereich aus die große Lücke weiter rechts. Hinter drei 1-Up-Blöcken steht das zweite Ziel, das die Festung öffnet. Hier musst Du nicht wie an der Cheese Bridge unter dem Zielband hindurchgleiten.
Chocolate Fortress

Warte, bis die Holzstacheln zurückgezogen sind, und beobachte die Feuerbälle der Bowser-Statuen. Nimm den Checkpoint vor dem zweiten Raum. Locke die großen Steinblöcke nach unten und laufe darunter hindurch, sobald sie steigen. Achte dabei auf die Landungen der kleineren Steinblöcke. Besiege am Ende die vier Reznors, um Chocolate Island 4 zu öffnen.
Chocolate Island 4

Benutze die unteren schrägen Plattformen, die Dich tatsächlich über den kochenden Schlamm tragen; mehrere obere Plattformen enden ohne Anschluss. Im sicheren unteren Gang liegt der Checkpoint. Im Blockbereich schafft der P-Schalter den Zugang zur Röhre. Im Bonusraum kannst Du durch Münzplattformen zu verschiedenen Belohnungsebenen fallen. Zurück auf der Hauptroute gehst Du an den großen Maulwürfen und dem letzten Footballspieler vorbei zum Ausgang.
Chocolate Island 5

Der blaue P-Schalter befreit die in braunen Blöcken eingeschlossenen Stachis. Plane deshalb Deine Landung vorher. Ein grauer Schalter über dem Startbereich verwandelt sie in Silbermünzen. Die gelbe Nebenröhre vor dem Wasser enthält einen Blasenraum mit zwei Yoshi-Münzen. Hinter dem Checkpoint wechselst Du über bewegliche Röhren und ausfahrende Blöcke und passierst die letzten Footballspieler zu Wendys Schloss.
Wendy’s Castle

Gehe hinter den aufsteigenden Stampfern vorbei und warte in den Nischen zwischen den Sägen. Nach dem Checkpoint bewegen sich große Blockgruppen. Heiße Feuergegner laufen an ihren Rändern entlang; lasse sie an Deiner nächsten Landung vorbeiziehen, statt ihnen in einen sich schließenden Spalt zu folgen.
Wendy: Die echte Wendy erscheint mit zwei Attrappen aus den Röhren. Springe auf ihren Kopf und weiche den beiden hüpfenden Feuerkugeln aus. Drei Treffer genügen. Sie verschießt in diesem Spiel keine Ringe. Der Sieg öffnet den Weg zum versunkenen Geisterschiff.